Siūlomos temos studentų baigiamiesiems darbams (2016):
PrezentacijaBaltymų struktūrinių pokyčių tyrimas prie jų jungiantis vaistinėms molekulėms in silico
Aprašymas:
Yra sukurta daug įrankių skirtų analizuoti baltymo struktūras bei iš jų suskaičiuoti tam tikrus parametrus, tačiau sprendžiant esamas problemas vien jais pasinaudoti nepakanka. Nemaža dalimi rezultatų patikimumą lemia baltymų struktūrų apdorojimas ir baltymuose vykstančių procesų, prie jų jungiantis vaistinėms molekulėms, supratimas. Vienas iš tyrinėjamų parametrų yra baltymo tūrio pokytis. Baltymo tūrio pokytis lydimas ligando jungimosi bei konformacinių pokyčių yra svarbus termodinaminis parametras dėl keleto priežasčių. Visų pirma, tai fundamentalus termodinaminis parametras, sąlygojantis baltymo stabilumą aukštame slėgyje. Antra, tūrio pokyčiai atspindi baltymo konformacinius ir hidratacinius perėjimus prie jo jungiantis ligandui. Trečia, tūris, termodinamine prasme, gali būti naudojamas charakterizuojant tarpines natyvaus-išsivyniojusio baltymo būsenas. Darbo metu reikės pritaikyti esamus bei sukurti naujus įrankius baltymų struktūrų paruošimui ir vidinių ertmių tūrių skaičiavimams, analizuoti veiksnius lemiančius tūrio ir įvairių jo dedamųjų pokyčius. Taip pat analizuoti baltymo konformacinius pokyčius ir pritaikyti keletą metrikų skaičiuojant baltymo tūrio pokyčius, jungiantis vaistinei molekulei. Darbas teorinis, užduoties atlikimui reikia turėti python ar kitos programavimo kalbos pradmenis.
Vadovas: dokt. Vytautas Rafanavičius (vytautas.rafanavicius@bpti.lt, +37062666602), konsultantas dr. Piotras Cimmperman (piotras@bpti.lt), J. Lelevelio g. 4, Vilnius, 506 kab.
Terminio poslinkio metodo patikimumo tyrimas
Aprašymas:
Terminio poslinkio metodas pagrįstas baltymo išsivyniojimo temperatūros (Tm) pasikeitimu prie jo jungiantis kitai molekulei (ligandui). Įdėjus ligando į baltymo tirpalą, gali įvykti baltymo stabilizavimas (Tm padidėjimas) arba destabilizavimas (Tm sumažėjimas). Eksperimentiškai nustatytos Tm priklausomybės nuo ligando koncentracijos (dozavimo kreivės) yra analizuojamos derinant pasirinktos teorinio modelio funkcijos parametrų vertes taip, kad teorinė funkcija kuo geriau „užsiklotų“ ant eksperimentinių kreivių. Tokiu būdu nustatomi jungimosi termodinaminiai dydžiai: jungimosi konstanta, entalpijos pokyčiai ir kt. modelio parametrai. Eksperimentiniai duomenys gali būti pakankamai gerai aprašomi keliais modelio parametrų verčių rinkiniais, todėl svarbu žinoti kaip atskirti kurios parametrų vertės yra tikros ir koks jų tikslumas. Darbas yra teorinis (gali tekti paprogramuoti python kalba).
Vadovas: Dr. Piotras Cimmperman, Baltijos pažangių technologijų institutas, el. paštas piotras@bpti.lt tel. nr. +37061413070, J. Lelevelio g. 4, Vilnius, 506 kab.